تواصل الهيئة العامة للعناية بالمسجد الحرام والمسجد النبوي، عنايتها الفائقة بماء زمزم، ووفرت لذلك مختبرا لتحليل الماء.
تشمل تلك الجهود أيضا الإشراف على التعقيم في جميع مراحله، لضمان الوصول إلى أقصى درجات النقاء، حيث يتم تعقيم الماء بالأشعة فوق البنفجسية من دون إضافة أية مواد كيمياية، حيث تصل نفسبة التعقيم إلى 99.77 %، وفق «العربية».
كذلك تتضمن إجراءات التعقيم، ضخ مياه زمزم المباركة من بئر زمزم في دائرة مغلقة عبر مواسير غير قابلة للصدأ إلى خزانات مغلقة تمامًا معالجة كيميائيًّا لمنع حدوث أي تفاعل كيميائي أو أي نشاط بكتريولوجي.
يلي ذلك التخزين من خلال فلاتر تحجز الرمال والشوائب، ثم تمر على أجهزة التعقيم المبدئية، وعند ضخ ماء زمزم المبارك من الخزان إلى المسجد الحرم لاستعمالها يتم مرورها بمرشحات لحجز أي رواسب.
وتباشر مختبرات الهيئة المخصصة تحليل مياه زمزم قبل استعمالها من قبل مرتادي بيت الله الحرام، وذلك للكشف عن أي ملوثات، ويلتزم العاملون في السقيا بالشهادات الصحية ضمانا لخلوهم من أية أمراض.